玻璃杯虽然通透好看，但是不易保存，必须小心翼翼的放置。其实在所有材质的杯子里，玻璃杯才是最健康的。因为玻璃杯不含有机的化学物质，当人们用玻璃杯喝水或其他饮品的时候，不必担心有害的化学物质会被喝进肚子里，而且玻璃表面光滑，容易清洗，所以人们用玻璃杯喝水才是最健康、最安全的。
玻璃杯子每次用完如能即刻清洗最好，若觉得太麻烦，也应该至少应每天清洗一次，可以在晚上临睡前洗干净，然后晾干。清洗杯子时，不仅要清洗杯口，杯底和杯壁也不应忽略，尤其是杯底，平时不常清洗，可能会沉淀很多细菌及杂垢。蔡春教授特别提醒女性朋友，口红不但含有化学成分，而且极易吸附空气中的有害物质和病原体，喝水时会将有害物质带入体内，因此杯口残留的口红一定要清洗干净。清洗杯子时用水简单冲洗是不够的，最好用刷子刷。另外，由于洗洁精的重要成分是化学合成剂，使用应慎重，要注意用清水冲洗干净。若要清洗沾有大量油腻、污垢或茶垢的杯子，可以在刷子上挤上牙膏，在杯子内来回擦刷。由于牙膏中既有去污剂，又有极细的摩擦剂，很容易将残留物质擦去而又不损伤杯体。